مولر از 2 گل خود به عنوان به یادماندنی ترین گلهایش برای بایرن مونیخ یاد می کند
توماس مولر در طول دوران حرفه ای خود 227 گل برای بایرن به ثمر رسانده است. دو گل از این تعداد برای مولر بسیار به یاد ماندنی است.
زمانی لوئیس فن خال در سپتامبر 2010 گفت:
توماس مولر همیشه بازی می کند
سرمربی آن زمان بایرن به این بازیکن کمک کرد تا آخرین مرحله مهمی از موفقیت را در تیم اصلی ایجاد به دست آورد و به تیم ملی آلمان نیز برسد جایی که توماس مولر در جام جهانی 2010 سوم شد و البته جوان ترین آقای گل شد. مولر در چهار سال بعد قهرمان جهان شد. در سطح باشگاهی، مولر یازده عنوان قهرمانی را به دست آورده است و همچنین شش بار فاتح جام حذفی و دو بار نیز لیگ قهرمانان اروپا را به دست آورده است. او با 227 گل و 242 پاس گل در 625 بازی، سهم قابل توجهی در کلکسیون بزرگ عناوین بایرن مونیخ دارد.
توماس مولر در ویدئویی که در کانال شخصی خود در یوتیوب منتشر شد، می گوید دو گل به طور خاص در حافظه او مانده است:
یک ضربه کناری مقابل دارمشتات در باران شدید. سپس ک گل با ضربه سر برابر آ.اس رم دارم، در مونیخ که گلی فوق العاده بود
گلهای مورد اشاره مولر مربوط به این زمانها می باشند. مقابل دارمشتات در هفته 22 بوندسلیگا فصل 2015/16 که بایرن در خانه با نتیجه 3-1 پیروز شد. گل برابر آ.اس رم نیز به فصل 2010/11 در لیگ قهرمانان باز می گردد که توماس مولر تنها 21 سال سن داشت و در دومین حضورش به عنوان بازیکن ثابت گلزنی کرد.